Mutasi in-host pada virus Covid-19 yang tercermin dalam varian, temukan penelitian

Mutasi in-host pada virus Covid-19 yang tercermin dalam varian, temukan penelitian

Result HK

NEW DELHI: Perubahan yang terjadi pada genom virus SARS-CoV-2 pada orang yang terinfeksi mencerminkan pada tingkat populasi sebagai variasi, menurut sebuah penelitian yang menurut para peneliti akan “sangat berguna” dalam memprediksi penyebaran dan infektivitas dari strain virus Covid.
Melacak perubahan yang terjadi pada virus di dalam inang pada individu dan populasi mungkin memberikan petunjuk penting ke situs virus yang menguntungkan atau tidak menguntungkan bagi kelangsungan hidup SARS-CoV-2 yang menyebabkan Covid-19, kata para peneliti.
Tim di balik penelitian baru-baru ini termasuk peneliti dari Pusat Nasional untuk Pengendalian Penyakit dan CSIR-Institute of Genomics and Integrative Biology (CSIR-IGIB) di Delhi, serta Institute of Life Sciences di Bhubaneswar, Academy for Scientific and Innovative Penelitian di Ghaziabad, Pusat CSIR untuk Biologi Seluler dan Molekuler (CSIR-CCMB) di Hyderabad dan Institut Teknologi India, Jodhpur.
Menanggapi temuan penelitian tersebut, ahli virologi Upasana Ray menjelaskan bahwa munculnya varian virus tergantung pada keberhasilan reproduksinya di dalam inang.
“Mutasi adalah fenomena yang sangat umum dalam siklus hidup virus apa pun. Sementara virus mengalami replikasi dan berkembang biak di dalam sel inang, perubahan nukleotida kecil terjadi,” Ray, seorang ilmuwan senior di CSIR-Indian Institute of Chemical Biology Kolkata mengatakan kepada PTI.
“Ketika virus semakin banyak ditularkan, di dalam inangnya, ia mendapat banyak peluang untuk mengakumulasi perubahan seperti itu dan dengan demikian varian muncul,” Ray, yang tidak terlibat dalam penelitian ini, mengatakan.
Dalam studi yang belum dipublikasikan yang diposting di repositori pracetak BioRxiv pada 27 Juli, para peneliti menganalisis sampel pasien yang didiagnosis Covid-19 dari dua periode waktu pandemi yang berbeda.
Pada fase 1 penelitian, tim menganalisis 1.347 sampel yang dikumpulkan terbaru pada Juni 2020 dari China, Jerman, Malaysia, Inggris, AS, dan subpopulasi India yang berbeda untuk melihat peta variasi nukleotida tunggal (iSNV) intra-host di seluruh genom di SARS. – Populasi yang terinfeksi CoV-2.
Variasi nukleotida tunggal (SNV) adalah substitusi nukleotida – blok bangunan dasar materi genetik virus.
Menurut Ray, iSNV adalah variasi yang terjadi di dalam host. Dia menambahkan bahwa mutasi ini mungkin atau mungkin tidak pada akhirnya mencerminkan pada tingkat populasi.
“Agar SNV intra-host untuk bertahan hidup, varian seperti itu harus dapat berkembang biak dan menyebar dan karenanya membangun dirinya sendiri,” kata ilmuwan itu.
Para peneliti mengamati 18.146 situs iSNV yang mencakup genom virus, termasuk yang mendefinisikan garis keturunan B.1 dan B.6.
Varian Alpha, pertama kali diidentifikasi di Inggris, varian Beta pertama kali ditemukan di Afrika Selatan dan varian Delta, pertama kali dilaporkan dari India, termasuk dalam garis keturunan SARS-CoV-2 ini.
“Menariknya, 41 persen dari semua iSNV unik yang diidentifikasi dalam sampel ini ditemukan dilaporkan sebagai SNV pada 30 September 2020 dalam satu atau lebih sampel yang dikirimkan di GISAID, meningkat menjadi 80 persen pada 30 Juni 2021,” penulis laporan tersebut. studi mencatat.
GISAID adalah inisiatif sains global dan sumber utama yang menyediakan akses terbuka ke data genom virus influenza dan virus corona yang bertanggung jawab atas pandemi Covid-19.
Pada fase 2 penelitian, penulis menganalisis 1.798 sampel yang diurutkan di India antara November 2020 dan Mei 2021.
Mereka menemukan bukti bahwa iSNV dari waktu ke waktu dapat bermanifestasi menjadi SNV dalam populasi.
“Dalam sampel ini, iSNV dapat direkam untuk hadir dalam populasi di sebagian besar posisi genomik yang menentukan garis keturunan Delta (B.1.617.2) dan Kappa (B.1.617.1) sebelum fiksasi mereka sebagai SNV pada Februari 2021. ,” kata para peneliti.
“Hasil ini menyoroti pentingnya merekam iSNV sebagai perpanjangan dari program pengawasan genom untuk memungkinkan model epidemiologi virus yang lebih akurat,” kata mereka.
Para penulis juga mengamati iSNV di 87 persen situs protein lonjakan — yang digunakan virus untuk masuk dan menginfeksi sel manusia — yang baru-baru ini dilaporkan memberikan resistensi antibodi.
Vaksin saat ini ditujukan untuk melawan protein lonjakan virus SARS-COV-2.
“Mutasi ini dapat memiliki implikasi besar dalam respons vaksin karena mereka dapat mengubah imunogenisitas,” kata para penulis.
Imunogenisitas adalah kemampuan vaksin untuk memicu respon imun dalam tubuh.
“Studi ini mengungkapkan wawasan penting tentang residu yang menguntungkan atau tidak menguntungkan bagi kelangsungan hidup virus ini dan dengan demikian dapat membantu untuk merekayasa terapi generasi berikutnya yang menargetkan protein yang rentan mutasi ini,” tambah Ray.